港周边的战略要点和高地上修建了多座炮台，配备了大口径的火炮等武器装备，形成了对港口的火力防护网。这些炮台可以对海上的敌方目标进行打击，有效地抵御可能的海上攻击，保护港口的安全。

在港口的入口、关键位置以及周边地区构筑了大量的碉堡、掩体、战壕等防御工事，部署了军队进行防守。这些防御工事与炮台相互配合，增强了基隆港的防御能力，使其成为日本在台湾地区的重要军事据点。

设立了军事指挥中心，用于对基隆港及周边海域的日本海军部队进行指挥和调度。指挥中心配备了先进的通信设备和指挥系统，能够及时掌握海上的动态信息，有效地指挥军事行动。

同时配套设施的铁路连接加强了基隆港与台湾岛内铁路网的连接，修建了铁路支线和专用铁路线，以便将港口的物资快速运输到岛内各地，为倭寇的军事行动提供后勤保障。同时，也方便了倭寇军队的调动和部署。